Valeur prédictive positive du test APTIMA Gen-Probe pour Neisseria gonorrhoeae dans une population de femmes ayant une faible prévalence de l’infection à N gonorrhoeae

Nous avons recueilli des échantillons de femmes testées positives pour Neisseria gonorrhoeae à l’aide de APTIMA Combo AC de Gen-Probe et avons effectué des tests de confirmation en utilisant un test d’amplification des acides nucléiques NAAT qui cible d’autres séquences d’acide nucléique gonococcique. de ces spécimens ont été testés en utilisant le TAAN de confirmation, dont les résultats positifs ont donné des résultats positifs, valeur prédictive,%; Intervalle de confiance en%,% -% Le test de confirmation de routine des échantillons avec des résultats positifs au test de gonorrhée AC n’est pas indiqué

Les programmes de dépistage de Neisseria gonorrhoeae et de Chlamydia trachomatis chez les jeunes femmes asymptomatiques sexuellement actives sont répandus dans de nombreux pays industrialisés. Dans la plupart des cas, la gonorrhée est beaucoup moins courante que l’infection à Chlamydia; % des patients âgés de plus de 5 ans aux États-Unis ont été testés positifs pour C trachomatis, alors que la prévalence de N gonorrhoeae dans cette population était de & lt;% dans les tests d ‘amplification des acides nucléiques. trachomatis et gonorrhée Le test ACTIA Combo AC de Gen-Probe détecte à la fois C trachomatis et N gonorrhoeae. L’encart AC indique que le test de N gonorrhoeae a une sensibilité de% et une spécificité de% lorsque des prélèvements cervicaux sont utilisés et sensibilité de% et une spécificité de% lorsque les échantillons d’urine obtenus des femmes sont utilisés Ces estimations sont comparables à celles des autres TAAN et, si elles sont correctes, signifieraient que les valeurs prédictives positives des VPP pour le test dans une population avec prévalence de N gonorrhoeae de% serait respectivement de% et de% pour les prélèvements cervicaux et urinaires. La plupart des cliniciens ne considéreraient pas ce PPV comme suffisant pour qu’un résultat de test soit considéré comme un diagnostic, et les Centres ou Contrôle et Prévention des Maladies CDC recommande que les tests de confirmation «soient considérés» lorsque les tests de non-culture ont une VPP de & lt;% Cependant, les estimations de la sensibilité et de la spécificité du TAAN ne sont pas suffisamment précises. gonorrhoeae dans les populations à très faible prévalence dans lesquelles ils sont généralement utilisésPour évaluer s’il est nécessaire d’effectuer régulièrement des tests de confirmation pour des échantillons positifs pour N gonorrhoeae en utilisant AC, nous avons utilisé le test Gen-Probe APTIMA GC AGC Tous les échantillons provenant de femmes testées positives pour N gonorrhoeae par AC dans une population à faible prévalence Comme le plan d’étude que nous avons utilisé n’est généralement pas utilisé pour évaluer de nouveaux tests diagnostiques, nous avons également calculé le nombre d’échantillons que nous aurions dû tester en utilisant dosages pour obtenir une estimation similaire du PPV si nous avions recruté des patients dans une étude visant à définir avec précision la sensibilité et la spécificité de l’AC. ville et ensuite utilisé ces paramètres pour calculer les spécimens de l’étude PPVMethods inclus des échantillons consécutifs d’urine et de prélèvements cervicaux obtenus des femmes testées positives pour N gonorrhoeae dans les laboratoires de santé publique et laboratoire universitaire dans l’État de Washington et les spécimens des maladies sexuellement transmissibles ont été exclus. Les tests CA ont été effectués sur des lots groupés ou des échantillons. Des tests AC ont été effectués conformément aux instructions du fabricant pour les tests individuels. Si un pool donnait des résultats positifs, les échantillons étaient testés individuellement. Certaines piscines contenaient à la fois de l’urine et du col utérin spécimens Seuls les spécimens testés positifs individuellement ont été considérés comme positifs; Ces échantillons ont été congelés à – ° C pendant plusieurs jours et à – ° C par la suite pour une évaluation ultérieure. Le test a été utilisé pour tester tous les échantillons qui ont initialement donné des résultats AC positifs et pour tester un échantillon de chaque échantillon. test négatif pour N gonorrhoeae AGC est similaire à AC sauf qu’il utilise des oligonucléotides qui ciblent des séquences d’ARNr S différentes de celles de AC

Les intervalles de confiance de 95% pour la VPP estimée ont été calculés en utilisant une méthode binomiale exacte La taille de l’échantillon pour le plan de test de confirmation dans le tableau a été déterminée en trouvant le N le plus petit. % CI pour PPV de ⩾ Techniquement, où IB est la fonction d’indicateur avec valeur si B est vrai et est autrement, et CI [α, v, n, x] est un intervalle de confiance exact de niveau α pour le PPV, v, basé sur un échantillon de taille n avec x vrais positifs Ndual et Nconfirm ont été liés par où p est la prévalence de la maladie PPV et la spécificité étaient liés à l’aide de chercheurs ont obtenu un certificat d’exemption de l’Université de Washington Institutional Review Board Seattle pour l’étude

Tableau View largeDownload slideNombre d’échantillons requis dans une conception de test de confirmation et une conception de test double pour avoir% de probabilité que la limite inférieure d’un IC% pour la valeur prédictive positive PPV est & gt;% Table View largeDownload slideNumber of specimens needed in Le résultat de deux tests est d’avoir% de probabilités que la limite inférieure d’un IC% pour la valeur prédictive positive PPV soit de & gt;% Résultats Les laboratoires ont testé des prélèvements cervicaux ou urinaires non dupliqués pendant la période d’étude, dont% testés positifs pour N gonorrhoeae échantillons positifs,% étaient disponibles pour les tests de confirmation, dont les résultats positifs étaient positifs pour le test AGC Le PPV de AC pour N gonorrhoeae était%% CI,% -% Tous les échantillons ayant donné des résultats positifs inclus ⩾ spécimen ayant donné des résultats positifs Individuellement Tous les échantillons qui ont été testés négatifs pour la gonorrhée en utilisant AC ont eu des résultats AGC négatifs

f Le% IC pour la VPP du test était de & gt;% Dans une population avec% de prévalence d’infection à N gonorrhoeae, les échantillons devraient être testés en utilisant les deux tableaux de test. De même, la plupart des tests de N gonorrhoeae effectués aux États-Unis sont maintenant effectués en utilisant des technologies autres que la culture, et beaucoup sont effectués en utilisant des TAAN Ces tests sont généralement utilisés dans populations avec une très faible prévalence d’infection à N gonorrhoeae Cependant, les VPP des tests de non-culture ne sont pas définies dans ces populations, et des résultats faussement positifs ont été rapportés par PCR Comme démontré par notre analyse, les études conventionnelles que tous les spécimens sont évalués en utilisant différents tests ne peuvent pratiquement pas définir la spécificité des tests de non-culture avec une précision suffisante pour estimer avec confiance leur PPV dans une population avec une prévalence très faible de l’infection Le CDC préconise que des tests de confirmation soient utilisés lorsque des tests de non-culture sont utilisés dans ces populations. Une alternative aux tests de confirmation universelle est d’estimer directement le PPV dans une population à très faible prévalence. Résultats positifs pour une période de temps définie Les résultats de ces études pourraient guider la décision de la nécessité de tests de confirmation de routine Dans cette étude, nous avons utilisé une telle approche et démontré que AC a un VPP de% dans une population de femmes. la prévalence de l’infection à N gonorrhoeae est% Bien que de futures études devraient chercher à reproduire nos résultats, nous ne croyons pas que l’utilisation de la CA pour la détection de N gonorrhoeae nécessite des tests de confirmation de routineNotre étude a des limites un seul TAAN chez les femmes Nos résultats ne doivent pas être extrapolés pour indiquer que les tests de confirmation ne sont pas nécessaires Deuxièmement, nos laboratoires ont d’abord testé des échantillons regroupés, une procédure standard dans les laboratoires d’étude qui n’est ni approuvée par la Food and Drug Administration des États-Unis, ni recommandée. par le fabricant d’APTIMA Parce que nous avons testé les échantillons, tous les échantillons ont été testés deux fois avant que les tests de confirmation ne soient effectués, une procédure qui pourrait affecter la spécificité du test et, par conséquent, aucun PPV. résultat positif pour un spécimen individuel, une constatation qui pourrait avoir soulevé des inquiétudes que des tests répétés améliorent la spécificité. Des tests faussement positifs accrus pourraient être plus fréquents lors du test de spécimens individuels, parce que le nombre de tests augmente ou pourrait augmenter avec la multiplication des spécimens. manipulation et possibilité de contamination Ainsi, nous ne pouvons pas dire avec Nous avons supposé que les échantillons ayant donné des résultats AGC négatifs avaient des résultats faussement positifs. Si le CAG est moins sensible que le C, la VPC réelle pourrait être plus élevée Quatrième, et le plus important, l’approche que nous avons utilisée n’aurait pas exclu tous les résultats faussement positifs. Les résultats faussement positifs du TAAN peuvent se produire de différentes manières. Premièrement, l’amplicon peut contaminer les échantillons d’une réaction antérieure. Comme le test AGC n’amplifie pas ou ne détecte pas l’amplicon AC, Deuxièmement, si les séquences d’ARNr ciblées par AC et AGC étaient toutes deux présentes dans un organisme autre que N gonorrhoeae, certains échantillons que nous avons classés comme ayant des résultats positifs confirmés peuvent avoir eu des résultats faussement positifs avec les deux tests L’insertion de l’emballage AC et les données non publiées suggèrent que les deux AC et AGC sont très spécifiques J Schachter et DV Ferrero, personnel Bien que nous ne puissions exclure complètement la possibilité de surestimer la VPP pour AC en raison d’une non-spécificité commune de AC et AGC, les tests de confirmation de routine utilisant soit un CAG soit un autre TAAN ne surmonteraient pas nécessairement cette limite. En résumé, nous avons montré que l’AC ne nécessite pas de tests de confirmation de routine, même dans les populations avec une très faible prévalence d’infection à N gonorrhoeae. les cliniciens doivent être conscients que tous les tests peuvent avoir des résultats faussement positifs, et des tests répétés ou confirmatoires peuvent être indiqués lorsque des circonstances cliniques particulières conduisent les cliniciens à douter des résultats de laboratoire. utiliser dans les populations à faible prévalence

Remerciements

Nous remercions le Dr Craig Hill pour ses commentaires sur ce manuscrit