Évaluation clinique, épidémiologique et moléculaire d’une éclosion clonale d’infection à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline

San Francisco, Californie San Francisco, CA a connu une augmentation globale de la récupération des isolats de SARM de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline qui ont été montrés par électrophorèse en champ pulsé pour avoir un génotype génotype A qui était nouveau à cette institution Nous avons effectué un cas-contrôle Les patients infectés par le génotype A MRSA ont été comparés aux groupes témoins: les patients témoins infectés par le SARM, c’est-à-dire les patients infectés par le SARM non génotype A et le groupe témoin non infecté par le SARM. Patients hospitalisés sans infection à SARM Il y avait des patients infectés par SARM génotype A, des patients témoins infectés par SARM et des patients témoins sans infection à SARM. La pneumonie, les infections des plaies chirurgicales et les infections linéaires étaient plus fréquentes chez les patients. procédures invasives ont conféré le plus grand risque pour le génotype A MRSA infec Dans les modèles multivariés, les patients n’étaient pas associés à une augmentation de la mortalité, après ajustement pour l’âge, les comorbidités et l’exposition aux unités de soins intensifs. Le SARM génotype A a provoqué une vaste poussée nosocomiale associée à des facteurs de risque et des manifestations cliniques

L’incidence des infections nosocomiales dues à Staphylococcus aureus a augmenté au cours des dernières années et une proportion croissante des organismes sont résistants à la méthicilline S aureus résistant à la méthicilline Le SARM a été identifié un an après l’introduction de la méthicilline, une pénicilline semi-synthétique. ] SARM a démontré un potentiel remarquable de propagation dans les hôpitaux, avec de nombreuses épidémies décrites au cours des dernières années [,, -] En outre, le SARM a été de plus en plus identifié dans les infections acquises dans la communauté L’augmentation des infections à SARM chez les patients hospitalisés dans les données sur la sensibilité aux antibiotiques a attribué l’augmentation aux isolats avec un modèle phénotypique distinct de résistance à la ciprofloxacine, à la clindamycine et à la clindamycine. érythromycine Parmi ces souches de SARM multirésistantes, Des études de typage des profils PFGE ont identifié la présence d’un sous-type de clone SARM, dénommé “génotype A”, qui n’avait pas été isolé auparavant dans notre institution. Des cas d’infection clonale à SARM ont été rapportés dans la littérature, principalement dans des études de cas. Cependant, peu d’études analytiques ont examiné l’épidémiologie des éclosions d’infection à SARM clonale et les différences dans les résultats associés aux souches épidémiques et aux souches non épidermiques Nous avons réalisé une étude cas-témoin pour évaluer les facteurs de risque d’infection par le génotype A chez les patients hospitalisés. à San Francisco General Hospital Nous avons également comparé les caractéristiques cliniques et l’épidémiologie de l’infection due au génotype A MRSA avec celles de l’infection due à un SARM non génotype A

Patients et méthodes

patients atteints de SARM de génotype A avec groupes témoins: patients atteints de SARM infectés par un SARM non génotype A; ci-après, les «témoins de SARM» et les patients témoins non infectés par le SARM hospitalisés sans antécédents d’infection à SARM; Les dossiers de microbiologie de tous les patients hospitalisés à l’hôpital général de San Francisco ont été examinés afin d’identifier tous les patients chez lesquels le SARM a été isolé entre octobre et juillet. Les cas ont été identifiés comme ceux pour lesquels la culture a été identifiée. SARM avec résistance à la ciprofloxacine, la clindamycine et l’érythromycine et PFGE des isolats de SARM a révélé le profil distinct associé au génotype A Des isolats de génotype A sans le profil de résistance phénotypique ont été exclus Cas des patients avec lesquels SARM avec un génotype non A a été isolé pendant l’étude Les patients n’ayant pas été infectés par le SARM ont été sélectionnés pour chaque cas. Un autre groupe témoin – les témoins non SARM – était composé de patients non infectés par le SARM. patients non-MRSA contrôles ont été appariés par des dates concomitantes d’hospitalisation et par le Nombre de jours d’hospitalisation dans notre établissement au cours des mois précédant la mise en place d’un cas d’isolement du SARM chez les patients ou de la date de sortie de l’hôpital des contrôles autres que le SARM Lorsque & gt; Nous avons limité notre analyse aux isolats de SARM récupérés chez des patients hospitalisés atteints de SARM isolé à partir d’échantillons prélevés sur un site stérile sang, os ou abcès ou non stérile. site parmi ceux qui ont ensuite été traités pendant au moins des jours avec des antibiotiques auxquels l’isolat était sensible Par exemple, un diagnostic clinique de pneumonie sous ventilation assistée nécessitait une aspiration trachéale qui était positive pour le SARM; une présentation clinique compatible avec la pneumonie, telle que déterminée par le médecin du patient; Moins de jours de traitement étaient acceptables si le patient est décédé ou a quitté l’hôpital contre un avis médical Nous avons exclu les patients ayant des cultures d’échantillons de SARM positifs après le décès ou ceux traités uniquement aux urgences. Critères d’inclusion pour non -Les contrôles de SARM exigeaient que leur admission coïncide avec le patient correspondant. Patients chez lesquels le SARM a été isolé l’année précédente, patients & lt; Examen des dossiers Un seul enquêteur a examiné le résumé informatisé de sortie de l’hôpital des patients pour l’admission d’intérêt et tous les résumés de congés de l’année précédente. Si les données étaient manquantes ou inexistantes, les patients étaient hospitalisés. Les données sur les décès, les données démographiques, les hôpitaux et les données sur les pharmacies ont été extraites des bases de données informatisées de l’hôpital. L’indice de comorbidité de Charlson a été évalué pour chaque patient sur la base de l’examen des données pour l’année. période avant l’admission L’indice de Charlson est une mesure prospectivement validée du nombre et de la gravité des comorbidités d’un patient. Les patients classés comme utilisateurs de drogues injectables étaient ceux qui utilisaient ou avaient déjà utilisé des drogues injectables. Les patients classés hémodialysés ou hémofiltrés veineux continus étaient: subissant la procédure au ti Les patients classés comme ayant une voie aérienne invasive avaient reçu une trachéotomie ou subi une intubation endotrachéale lors de l’admission d’intérêt avant les patients de cas d’isolement de SARM et les contrôles de SARM ou avant la sortie de l’hôpital Contrôles de sensibilité aux antibiotiques La sensibilité à la ciprofloxacine, à la tétracycline, à la gentamicine, à l’érythromycine, au cotrimoxazole, à la rifampicine, à la clindamycine, à l’oxacilline et à la vancomycine a été testée par microdentation avec l’instrument MicroScan WalkAway Dade Behring, et les résultats ont été interprétés conformément aux directives NCCLS iléus. ] Typage moléculaire Tous les isolats ont été génotypés par PFGE en utilisant SmaI, comme décrit ailleurs ; les lignes directrices de Tenover et al ont été utilisées pour interpréter les profils PFGE pour la parenté génétique. Les isolats ont été considérés comme identiques s’ils avaient exactement le même schéma électrophorétique et étaient considérés comme clonaux s’ils présentaient des différences de bandes ⩽Analyse statistique Les variables dichotomiques étaient analysé avec l’analyse χ ou le test exact de Fisher, et les variables continues ont été analysées avec le test t de Student Two-tailed P values ​​& lt; ont été considérés comme des OR statistiquement significatifs et les tests de signification pour plusieurs variables ont été calculés par l’application de la régression logistique avec le progiciel statistique Stata, version Stata

Résultats

Population étudiée Pendant la période d’étude, il y avait des patients hospitalisés chez lesquels SARM a été isolé Soixante patients ont été exclus en raison de preuves insuffisantes d’infection Chez les patients infectés par SARM, le profil phénotypique de résistance à la ciprofloxacine, à la clindamycine et à l’érythromycine Dix isolats de MRSA ont été démontrés. Non disponible pour le typage par PFGE Parmi les patients avec des isolats disponibles pour le génotypage,% ont été identifiés comme infectés par le génotype A Les isolats de ces patients avaient le profil phénotypique de résistance aux médicaments et ont été analysés comme génotype A MRSA Trois patients avaient également d’autres génotypes MRSA Les autres patients porteurs d’un isolat de SARM non génotype constituaient le groupe témoin SARM. Quarante et un témoins non SARM ont été sélectionnés Tous les patients cas et témoins ‘les cartes étaient disponibles pour l’examen

Figure Vue largeDownload slideInfection des infections à SARM de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline pendant la période d’étude Octobre à juillet à San Francisco General Hospital San Francisco, Californie Aucun nouvel isolat de génotype MRSA n’a été retrouvé en culture de juin à juillet aAll non génotype A MRSA b Infections à SARM de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline pendant la période d’étude Octobre à juillet à l’Hôpital général de San Francisco San Francisco, CA Aucun nouvel isolat de génotype MRSA n’a été retrouvé en culture de juin à juillet. AAll non-génotype A SARM b- Profils PFGE et sensibilité aux antibiotiques Juillet PFGE a révélé une différence de seule bande entre le génotype A et le clone A, qui avait été endémique dans notre chiffre hospitalier Il y avait des clones de SARM distincts identifiés par PFGE parmi les témoins SARM, allant de la fréquence des isolats , y compris les isolats de clone A non génotype A Cinq isolats avaient des PFGE pro uniques Parmi les témoins de SARM, il y avait des patients avec des isolats de SARM résistants à la ciprofloxacine, la clindamycine et l’érythromycine. Les autres isolats de SARM avaient des profils de résistance mixtes% résistants à l’érythromycine,% résistants à la ciprofloxacine,% résistants à la clindamycine Trois génotypes Les isolats ne présentaient pas le profil typique de résistance aux médicaments phénotypiques. Par conséquent, l’identification du génotype A sur la base du profil phénotypique de sensibilité aux antibiotiques au cours de la période d’étude a donné une sensibilité de% et une spécificité de%

Figure Vue largeDownload slidePFGE de l’ADN chromosomique des isolats de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline après digestion SmaI Lanes -,, ,, et, génotype A Lane, clone A, le clone dont le génotype A est un sous-type Flèches blanches, l’emplacement de la bande unique différence entre le clone A et le génotype AFigure View largeDownload slidePFGE de l’ADN chromosomique des isolats de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline après digestion SmaI Lanes -,, ,, et, génotype A Lane, clone A, dont le génotype A est un sous-type Flèches blanches, Les caractéristiques démographiques et les comorbidités des patients sont résumées dans le tableau Les patients étaient similaires aux témoins non-SARM, à l’exception de l’exposition aux soins intensifs des unités de soins intensifs. SARM, infection de génotype A est survenue plus fréquemment chez les patients âgés qui avaient un plus grand fardeau de la maladie comorbide l’indice de comorbidité moyen de Charlson pour les cas et les témoins de SARM, respectivement; P & lt; et récente exposition aux soins intensifs Insuffisance cardiaque congestive, accident vasculaire cérébral, maladie pulmonaire chronique, insuffisance rénale niveau de créatinine, & gt; mg / dL, tumeurs solides et cancer métastatique étaient plus fréquents chez les patients que chez les témoins de SARM Tableau Il n’y avait pas de différences significatives entre les groupes en ce qui concerne les états immunosuppresseurs, y compris l’infection VIH et / ou le SIDA, la chimiothérapie ou l’utilisation de stéroïdes. de SARM non génotype a eu une association frappante avec l’itinérance et l’utilisation de drogues injectables

Tableau View largeTélécharger slideBaseline caractéristiques démographiques et cliniques des cas de patients infectés par le Staphylococcus aureus résistant au méthotype A MRSA, sujets témoins infectés par un SARM non génotype A, et sujets témoins sans infection à SARMTable View largeTélécharger slideBaseline caractéristiques démographiques et cliniques des cas de patients infectés par génotype A Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline MRSA, sujets témoins infectés par un SARM non génotype A, et sujets témoins sans infection à SARMHeure et lieu d’exposition hospitalière Les cas ont été hospitalisés pendant un nombre moyen de jours plus élevé dans les mois précédant l’isolement du SARM que les témoins SARM. vs jours; P = Tous les patients ont été hospitalisés pour & gt; jours dans les mois précédant l’infection à SARM, comparé au% des témoins de SARM P & lt; Le SARM de génotype A a été isolé quelques jours après l’admission à l’hôpital, tandis que les SARM avec d’autres génotypes ont été isolés quelques jours après l’admission P = Le génotype MRSA a été isolé chez seulement% des cas; Cependant, chaque patient avait été hospitalisé pour & gt; semaine au cours des mois précédents Soixante-huit pour cent des témoins de SARM avaient isolé le SARM dans les limites de l’admission P & lt; Chacun des premiers cas avait été dans une unité de soins intensifs avant l’isolement du SARM Dans l’ensemble,% des patients avaient été dans une unité de soins intensifs, comparé au% des témoins de SARM P & lt; et% de contrôles non-SARM P & lt; Le diagnostic clinique et les sources de culture La bactériémie de toute origine était la manifestation la plus courante du tableau d’infection à SARM, une différence qui n’était pas significativement différente entre les patients et les témoins de SARM%. Cependant, la bactériémie associée au cathéter veineux central a été diagnostiquée SARM contrôle% vs%; P & lt; Dix-sept% des patients ont eu une pneumonie, contre% des témoins de SARM P & lt; Aspirations trachéales ont été les premiers échantillons positifs pour la culture de SARM chez% patients et% témoins MRSA P = Les infections postopératoires des plaies, survenant dans le mois de la chirurgie, étaient plus fréquentes chez les patients que chez les témoins MRSA% vs%; P & lt; Seul le patient atteint d’un abcès à partir duquel des échantillons positifs à la culture de SARM ont été obtenus, comparativement aux témoins de SARM%; P =

Tableau Vue largeTélécharger slideManifestations d’infection à SARM Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline chez des patients et chez des patients témoins infectés par SARMTable View largeTélécharger slideManifestations de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline infection à SARM chez des patients et chez des patients témoins infectés par SARMAppareils invasifs Les cathéters veineux centraux ont été notés sur examen de dossier pour les patients de cas%, comparé aux contrôles de SARM%; P & lt; et contrôles non-SARM%; P & lt; Vingt patients ont été intubés avant l’isolement du SARM lors de l’admission d’intérêt, comparativement aux témoins de SARM%; P & lt; et contrôles non-SARM%; P & lt; Trachéotomies étaient présents dans les cas patients%, par rapport à des témoins de SARM%; P = et contrôle de non-SARM%; P = Huit patients traités par hémodialyse en% ou patients en hémofiltration veino-veineuse continue, comparés à des témoins de SARM%; P & lt; et contrôles non-SARM%; P = Des patients dialysés ont subi cette procédure dans la même unité de dialyse hospitalisée en une semaine. Le sixième patient a subi une dialyse en même temps qu’un patient hospitalisé pour le traitement d’une infection par le SARM de génotype A.Expositions antibiotiques Utilisation antérieure de la vancomycine, Le pipéracilline-tazobactam, les fluoroquinolones et la ceftriaxone étaient plus fréquents chez les patients que les témoins de SARM. Le pipéracilline-tazobactam et les fluoroquinolones demeuraient significativement associés à l’infection par le génotype MRSA plutôt qu’à l’infection par le SARM non génotype A, après ajustement pour l’exposition en USI, indice de comorbidité de Charlson et âge Aucune association significative n’a été trouvée entre l’infection par le génotype A MRSA et l’utilisation antérieure d’antibiotiques après le contrôle de l’exposition aux soins intensifs, lors de la comparaison des cas avec des témoins non-SARM.

Tableau View largeTélécharger la lameRisque associé à l’utilisation d’antibiotiques au cours de la période précédant l’infection par le Staphylococcus aureus résistant au méthotype A SARM: cas comparés aux patients témoins infectés par le SARMTable Voir grandDownload slideRisk associé à l’utilisation d’antibiotiques pendant la période précédant le début du traitement. infection par le Staphylococcus aureus résistant au méthotypic A MRSA: cas par rapport aux patients témoins infectés par le SARM

Tableau View largeTélécharger slideRisque associé à l’utilisation d’antibiotiques au cours de la période précédant l’infection par le Staphylococcus aureus résistant au méthotype A SARM: cas comparés aux patients témoins non infectés par le SARMTable Voir grandDisque de téléchargementRisque associé à l’utilisation d’antibiotiques pendant la période précédant Facteurs de risque Les procédures invasives ont conféré le plus grand risque d’infection par le génotype A dans les modèles multivariés comparant les cas de patients avec SARM témoins et non-SARM. Tableau des contrôles Ces modèles ont démontré que la chirurgie antérieure était associée à une probabilité au moins multipliée d’infection par le génotype A. La présence d’une voie aérienne invasive ou d’un cathéter veineux central était associée à une augmentation du risque d’infection par le génotype A lorsque comparer les patients avec des contrôles non-SARM

Tableau View largeTéléchargement de diapositives Facteurs de risque au cours de la période précédant l’infection par le Staphylococcus aureus résistant au méthotype A chez les patients de référence versus les patients de contrôle infectés par SARMTable View largeTéléchargement de diapositive Facteurs de risque pendant le mois précédant l’infection par le génotype A méthicilline résistant à Staphylococcus aureus MRSA: cas par rapport aux patients témoins infectés par le SARM

Tableau View largeTéléchargement de diapositive Facteurs de risque au cours de la période précédant le début de l’infection par Staphylococcus aureus résistant au méthotype A MRSA: cas par opposition aux patients témoins non infectés par le SARMTable View largeTéléchargement de diapositive Fisk pendant la période mensuelle précédant l’infection par le génotype A Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline MRSA: cas par rapport aux patients témoins non infectés par le SARM Résultats 10 patients en% et témoins de SARM%; P & lt; mort pendant la période d’hospitalisation où le SARM a été isolé Deux témoins non-SARM sont décédés%; P = Parmi tous les patients infectés par le SARM, l’isolement du génotype A n’était pas associé à un risque accru de décès, après ajustement pour l’indice de comorbidité Charlson, l’âge et l’exposition aux USI avant l’isolement du SARM. % CI, -; P = La durée moyenne globale de l’hospitalisation était significativement plus longue pour les jours de patients que pour les jours témoins de SARM; Les jours de contrôle P = et non-SARM; P = Cependant, il n’y avait pas de différence statistiquement significative dans la durée d’hospitalisation, après ajustement pour l’âge, admission aux soins intensifs et indice de comorbidité Charlson, entre les patients et les témoins MRSA P =, bien qu’après ajustement pour les mêmes variables est resté associé à l’augmentation de la durée de l’hospitalisation lors de la comparaison des cas avec des témoins non-MRSA P & lt; La durée moyenne de séjour des patients hospitalisés après l’isolement initial de SARM, à l’exclusion des patients décédés était de jours pour les patients et de jours pour les contrôles de SARM.

Discussion

infection à génotype MRSA chez les patients ayant subi une intervention chirurgicale La majorité des patients non exposés à l’unité de soins intensifs ont été temporairement regroupés et associés à des infections de plaies chirurgicales ou à une hémodialyse. De plus, des preuves moléculaires suggèrent que le SARM de génotype A est un pathogène nosocomial. un segment d’ADN hétérologue – la cassette chromosomique staphylococcique mec élément SCCmec – qui porte le gène mecA déterminant de la résistance à la méthicilline Le génotype A appartenait auparavant au complexe clonal – des complexes clonaux épidermiques-SARM disséminés globalement – Les clones MRSA avec un élément de type SSCmec sont supposés avoir une origine nosocomiale Après la surveillance du contrôle des infections à l’hôpital général de San Francisco, une augmentation du nombre d’isolats de SARM que l’augmentation était due à des organismes résistants à la ciprofloxacine, à la clindamycine et à l’érythro mycin, des précautions de contact strictes ont été mises en place pour les patients chez lesquels ces isolats ont été retrouvés, mais pas pour les patients ayant d’autres isolats, résultat de contraintes logistiques. Tous les patients infectés par SARM ayant le profil de résistance phénotypique ont été isolés. Ces précautions ont pu contribuer au contrôle et à l’élimination du clone de l’éclosion, sans nouvelles infections à SARM de génotype A au cours des derniers mois de la période d’étude. Cependant, il n’y a pas eu de diminution de l’infection globale par le SARM. L’utilisation de groupes témoins distincts était essentielle pour établir les facteurs de risque et définir les caractéristiques uniques de l’infection par le SARM de génotype A Sélection du groupe témoin approprié dans les études de cas-témoins analysant les facteurs de risque pour les infections à SARM de génotype A organismes résistants aux antimicrobiens a été décrite Il a été démontré que le contrôle des patients infectés par une souche de l’organisme sensible aux antibiotiques surestime la réponse opératoire calculée pour l’exposition aux antibiotiques La sélection de tout groupe de contrôle est sujette à certaines limitations et biais, mais les comparaisons Des études antérieures ont montré que l’utilisation d’antibiotiques, en particulier les céphalosporines de troisième génération et les fluoroquinolones , augmente la probabilité d’infection nosocomiale à SARM. Par conséquent, des contrôles non SARM ont été choisis pour maximiser la probabilité d’antibiotiques. Appariement selon la durée du séjour à l’hôpital et l’hospitalisation simultanée avec les patients admis pour une exposition égale aux antibiotiques et au génotype A SARM Les patients étaient bien appariés dans la durée d’exposition à l’hôpital, les maladies comorbides et les caractéristiques démographiques, suggérant des cas et des témoins non SARM. la même cohorte de patients à risque d’acquérir g Enotype A infection à SARMLe rôle de l’exposition aux antibiotiques dans le choix des clones multirésistants reste incertain Aucune association significative n’a été trouvée entre l’infection par le génotype A MRSA et l’utilisation antérieure d’antibiotiques après contrôle de l’exposition aux USI, en comparant les cas avec des témoins non SARM. Ces résultats doivent être interprétés avec prudence en raison de la propension à surestimer les RUP, en particulier chez les patients infectés par la ciprofloxacine. Des organismes sensibles sont utilisés comme témoins Cependant, la plausibilité biologique existe, la ciprofloxacine ayant été excrétée dans la sueur, entraînant la sélection rapide de Staphylococcus epidermidis multirésistant pour la colonisation . De plus, S aureus résistant aux fluoroquinolones présente une adh En résumé, cette étude décrit une souche de SARM distincte, caractérisée par des profils uniques de PFGE et de pharmacorésistance, associée à une large épidémie nosocomiale. Les facteurs de risque prédisposant à l’infection par le génotype A étaient largement non modifiables et comprenaient la présence de voies respiratoires invasives, d’interventions chirurgicales et d’exposition aux USI. Une fois l’association entre le profil PFGE et la susceptibilité antimicrobienne déterminée, l’utilisation du profil de sensibilité aux antimicrobiens L’éducation, l’isolement des patients et les précautions de contact peuvent avoir contribué au contrôle de l’éclosion Bien que le rôle des antibiotiques dans la sélection de cette souche hautement résistante de SARM reste incertain, il est prudent souligner l’utilisation appropriée d’un large spectre nibiotique

Remerciements

Nous remercions Heather Carleton, Nick Moss, Wei-hsiang Huang et Philip Young, pour leur excellente assistance technique, et Jeff Kohlwes, pour ses conseils sur la conception d’études